In seinem Programm vom 24. Juni 1987 verpflichtete sich das Deutsche Historische Museum der "Aufklärung und Verständigung über die gemeinsame Geschichte von Deutschen und Europäern".
Bevor diese Idee umgesetzt werden konnte, gab es heftige und kontroverse Debatten in der deutschen Presse. Sinn, Aufgaben und Realisierungschancen eines von der Bundesregierung in Berlin ins Leben gerufenen Nationalmuseums zur Geschichte Deutschlands bezweifelten die Skeptiker.
Die Gründungsurkunde für ein Deutsches Historisches Museum konnte am 28. Oktober 1987, anläßlich der 750-Jahr- Feier der Stadt Berlin, von Bundeskanzler Helmut Kohl und dem Regierenden Bürgermeister der Stadt Berlin, Eberhard Diepgen, im Gebäude des Reichstags unterzeichnet werden.

Standort des neuen Museums sollte im Spreebogen in der Nähe des Reichstages sein. Den hierfür ausgeschriebenen Wettbewerb gewann 1988 der italienische Architekt Aldo Rossi. Der Fall der Mauer aber veränderte alle Pläne von Grund auf. Mit dem Tag der Wiedervereinigung am 3. Oktober 1990 übertrug die Bundesregierung dem jungen Museum die Sammlungen und Grundstück des damaligen Museums für Deutsche Geschichte, das im September 1990 von der letzten DDR-Regierung geschlossen wurde.
So wurde das Zeughaus von 1695, das älteste Gebäude Unter den Linden, zum Sitz des Deutschen Historischen Museums, dessen Team kurz darauf begann, das Haus mit Leben zu erfüllen. Ziel war, ein besucherfreundliches Haus und einen lebendigen Treffpunkt in der Mitte Berlins zu schaffen. Im September 1991 konnten die ersten Ausstellungen im Zeughaus gezeigt werden.