Am 31. Juli 1443 legte Kurfürst Friedrich II., genannt "Eisenzahn", den Grundstein zum Bau einer Burg auf dem nördlichen Teil der Spreeinsel, deren südlicher Teil die Stadt Cölln einnahm; im Frühjahr 1451 war der Bau fertiggestellt. Das dreigeschossige, etwa 80 Meter lange Hauptgebäude stand an der Spree, flußabwärts der Langen Brücke; weitere Gebäude standen vermutlich im rechten Winkel dazu, mit der Fassade zum späteren Schloßplatz, also der Stadt Cölln zugewandt.

Die Hauptresidenz der Kurfürsten von Brandenburg blieb jedoch Tangermünde, eine Funktion, die Berlin faktisch unter Kurfürst Johann "Cicero" (1486-1499), formell erst unter Joachim II. (1535-1571) übernahm. Diesem neuen Status entsprechend ließ Joachim den Bau von Kurfürst Friedrich niederreißen und auf dessen Fundamenten ab 1538 von dem Baumeister Caspar Theiß ein neues Schloß im Stil der sächsischen Renaissance errichten. Zu dem Spreeflügel kam jetzt ein etwa 70 Meter breiter Flügel am Schloßplatz hinzu, dessen erster Stock in ganzer Breite ein großer Saal einnahm. Dieses Renaissanceschloß wurde von den Nachfolgern Joachims weiter ausgebaut. Johann Georg (1571-1598) ließ durch Rochus Graf zu Lynar, den Erbauer der Festung Spandau, ab 1585 die Hofapotheke und ab 1593 den Querbau errichten, der, im rechten Winkel zum Schloßplatzflügel, den Anfang einer Abschließung des inneren Schloßhofes bildete. Beide Gebäude blieben, ebenso wie das von Lynar errichtete "Herzogin-Haus", bis zur Sprengung des Schlosses im Jahre 1950 nur unwesentlich verändert bestehen. Kurfürst Joachim Friedrich (1598-1608) schließlich faßte die bestehenden Gebäude durch Altanbauten zu einem langrechteckigen Komplex zusammen, der in etwa die Ausdehnung besaß, die das königliche Barockschloß erhalten sollte wie es bis zur Sprengung bestand. Kurfürst Friedrich Wilhelm (1640-1688), der "Große Kurfürst", ließ nach den Zerstörungen des 30-jährigen Kriegs das Schloß seiner Vorgänger zunächst