Obwohl Ungarn im Zweiten Weltkrieg mit dem Deutschen Reich verbündet war, blieben die rund 800.000 im Land lebenden Juden bis 1944 vom NS-Völkermord verschont. Erst als Ungarn Mitte März 1944 von deutschen Truppen besetzt und eine Kollaborationsregierung unter Döme Sztójai (1883-1946) eingesetzt worden war, kam es zu der von den Deutschen seit langem geforderten, schnellen Durchführung der "Endlösung". Koordiniert wurde sie von einem Sondereinsatzkommando unter der Leitung von Adolf Eichmann. Ab dem 5. April 1944 hatten alle Juden in Ungarn den gelben Stern zu tragen. Mitte des Monats begann in den ländlichen Gebieten ihre Ghettoisierung, zuerst in Kassa, wo rund 15.000 Menschen auf dem Gelände zweier Ziegelfabriken zusammenpfercht wurden und von wo aus Mitte Mai erste Züge Richtung Auschwitz rollten.
Auch in Munkács wurden in zwei Ghettos in ehemaligen Ziegeleien rund 26.000 Juden auf engstem Raum konzentriert: In einem internierten die Deutschen und ihre ungarischen Helfer die jüdische Bevölkerung der Stadt, in das andere deportierten sie die Juden aus der ländlichen Umgebung. Wegen der Enge, der schlechten Versorgung und Ernährung breiteten sich bereits kurz nach ihrer Einrichtung Flecktyphus und andere Krankheiten aus, denen viele Menschen zum Opfer fielen. Rund 440.000 Juden vorwiegend aus den ländlichen Provinzen wurde bis Ende Juni 1944 ghettoisiert und anschließend nach Auschwitz deportiert. Anfang Juli 1944 untersagte die angesichts der für Deutschland schlechten Kriegslage auf Ausgleich mit den Alliierten bedachte ungarische Regierung auf internationalen Druck weitere Deportationen.
Über 200.000 ungarische Juden verblieben zunächst in Budapest. Dort wurden sie ab Juni 1944 in speziell gekennzeichneten "Judenhäusern", ab November auch in Ghettos interniert. Noch vor der vollständigen Einschließung der Hauptstadt durch die vorrückende Rote Armee Weihnachten 1944 wurden Zehntausende Budapester Juden in Konzentrationslager nach Deutschland deportiert, um dort in der Rüstungsindustrie Zwangsarbeit zu verrichten. Vor ihrer unmittelbaren Ermordung wurde zunächst abgesehen. Bereits auf den Fußmärschen zur Grenze zum Deutschen Reich kamen jedoch Tausende um. Hunderte anderer Juden in Budapest konnten zunächst mit Hilfe von sogenannten Schutzpässen gerettet werden, welche die Inhaber unter den Schutz der schwedischen Gesandtschaft in Ungarn stellten. Entworfen hatte sie der vom schwedischen Außenministerium nach Budapest entsandte Botschaftssekretär Raoul Wallenberg (geb. 1912). Beauftragt und finanziell ausgestattet wurde er vom im Frühjahr 1944 gegründeten Flüchtlingskomitee "War Refugee Board". Mit Unterstützung anderer diplomatischer Vertretungen gelang es Wallenberg sowie dem Schweizer Botschaftsangehörigen Carl Lutz (1895-1975) auch nach der Machtübernahme der faschistischen Pfeilkreuzerbewegung und der Wiederaufnahme der Deportationen im Oktober 1944, durch Ausgabe der auch von den deutschen Besatzern anerkannten Schutzpässe und durch Einrichtung von "Schutzhäusern", Tausenden ungarischer Juden das Leben zu retten.
Die Befreiung der Juden aus den Ghettos von Budapest erfolgte durch die Rote Armee Mitte Januar 1945. Unter deutscher Besatzung wurden ab März 1944 rund 200.000 ungarische Juden, die in Ungarn in den Grenzen von 1937 lebten, um ihr Leben gebracht. Hinzu kamen zwischen 200.000 und 300.000 Juden, die in Territorien lebten, die Ungarn nach den Wiener Schiedssprüchen zugesprochen bekommen hatte.